A gestão do FMCNJ é orientada por 4 (quatro) instrumentos formais de planejamento e controle: o Plano Estratégico do FMCNJ, o Plano de Aplicação Anual, o Relatório de Atividades e o Relatório de Prestação de Contas Anual (Portaria da Presidência n. 440/2025, art. 4º).

O Plano Estratégico é elaborado pelo Diretor do FMCNJ. Sua finalidade principal é delinear as políticas, diretrizes e critérios para destinação e aplicação dos recursos, tendo seus objetivos estratégicos alinhados ao Plano Plurianual da União e à Política Judiciária Nacional Programática (Portaria da Presidência n. 440/2025, art. 5º, caput e parágrafo único).

O Plano Anual de Aplicação (PAP), elaborado pelo Diretor do FMCNJ em consonância com as diretrizes do Plano Estratégico, contempla a proposta orçamentária do FMCNJ para o exercício a que se destina, podendo ser revisado conforme as necessidades institucionais (Portaria da Presidência n. 440/2025, arts. 6º a 12).

Já o Relatório de Atividades do FMCNJ será apresentado a cada semestre pelo Diretor do Fundo, e deverá conter avaliação e monitoramento dos projetos financiados, além de medidas para aprimorar a eficiência e transparência da gestão, se for o caso (Portaria da Presidência n. 440/2025, art. 13, caput).

O Relatório de Prestação de Contas será elaborado pelo Diretor-Geral do CNJ anualmente, a pedido do Diretor do FMCNJ, e será apresentado até janeiro subsequente ao exercício financeiro. Após a aprovação das contas pelo Presidente, o respectivo demonstrativo será publicado no portal do CNJ (Portaria da Presidência n. 440/2025, art. 14)